חלק נכבד וחשוב בפעילויות הקונסרבטוריון הוא הפעלת הפרויקטים בבתיה"ס בקרית ים במסגרתם לומדים תלמידי כיתות ג'-ו' במגוון הכלים, החל בחלילית לתלמידים הצעירים וכלי נשיפה, כלי נקישה וכלי קשת לתלמידים הבוגרים יותר. שיתוף הפעולה המתקיים מזה שנים אחדות בין הקונסרבטוריון לבין בתיה"ס מניב את פרותיו ורבים מהתלמידים אשר החלו את לימודי המוסיקה בפרוייקטים, ממשיכים גם בלימודי המוסיקה בשיעורים פרטניים בשעות אחה"צ במסגרת הקונסרבטוריון. לצד לימודי הנגינה, רואה הקונסרבטוריון חשיבות רבה בלימודי המוסיקה העיוניים והחל מכתה ז', במסגרת כיתות מוסיקה אותם מפעיל הקונסרבטוריון בחטיבות הביניים, משתתפים התלמידים בשיעורי סולפג', תיאוריה, הרמוניה, תולדות וספרות המוסיקה.